నిషేధించబడిన పదార్ధాల వివాదంలోనూ వార్న్ ఆరోపణలు ఎదుర్కొన్నాడు. అతని కెరీర్లో ఇదే అత్యంత పెద్ద వివాదం. వార్న్ నిషేధిత పదార్థానికి పాజిటివ్ పరీక్షించినందున 2003 ICC ప్రపంచ కప్కు ముందు అతని అంతర్జాతీయ తాత్కాలికంగా నిలిచిపోయింది. షేప్లోకి రావడానికి ‘ఫ్లూయిడ్’ ట్యాబ్లెట్ తీసుకున్నట్లు వార్న్ ఒప్పుకున్నాడు. నిషేధం ఒక సంవత్సరం వరకు పొడిగించబడింది. ఆ సమయంలో అతను వ్యాఖ్యాలు కూడా చేశాడు.
బ్రిటీష్ నర్సుతో డర్టీ టాక్ వివాదంలోనూ వార్న్ ఆరోపణలు ఎదుర్కొన్నాడు. :2000లో అతను ఒక బ్రిటీష్ మహిళను వేధిస్తున్నట్లు నివేదికలు వెలువడ్డాయి. వార్న్ తనకు నిరంతరం మెసేజ్లు పంపుతున్నాడని ఆ మహిళ పేర్కొంది. ఇది అప్పట్లో పెద్ద రచ్చ అయ్యింది. మొత్తం ఎపిసోడ్ అతనికి ఆస్ట్రేలియన్ వైస్ కెప్టెన్సీని కోల్పోయేలా చేసింది.
ఆ తర్వాత బ్రిటీష్ నటి లిజ్ హర్లీతో వార్న్ సంబంధం పెట్టుకున్నాడు. వీరిద్దరికి నిశ్చితార్థం జరిగింది. కానీ పోర్న్ స్టార్తో ఎఫైర్ కారణంగా హర్లీ వార్న్తో నిశ్చితార్థాన్ని రద్దు చేసుకుంది. సెప్టెంబర్ 2017లో లండన్లోని మేఫెయిర్లోని నైట్క్లబ్లో పోర్న్ స్టార్ వాలెరీ ఫాక్స్పై వార్న్ దాడి చేసినట్లు ఆరోపణలు వచ్చాయి.